Fue construida a partir de 1543 en el Valle de Panchoy, y establecida como cabecera de la Real Audiencia de Guatemala en 1549.

Fue la tercera sede de la capital del llamado reino de Guatemala que comprendía a los actuales Estados de Guatemala, Belice, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica, así como Chiapas.

Desde su fundación fue nombrada como Santiago de Los Caballeros y el 10 de junio de 1566 el rey Felipe II le extendió el título “La muy Noble y muy Leal ciudad de Santiago de los Caballeros de Goathemala”.